Mysql 5がリリースされてから結構経ちますが、以前のバージョンよりは少し文字化けは減った気がしますが、抜本的には大きな差が無い感じがします。
例えば、Mysql 4　から5へ移植しよいと思うと次のような不具合が発生したりします。
Mysql5の場合項目単位でキャラクターセットが可能な為、例えばテーブルのキャラクタ（文字コード）の設定と項目の設定が異なっていると思わぬ所で文字化けが発生したりします。
※因みにMysql 4の場合テーブル単位で文字コードを設定して於けば各項目の文字コードは無視されるので、大元で設定していれば問題無かったのですが、Mysql 5ではそう簡単には行きません。

注意１・・・テーブルの文字コードと各項目の文字コードは統一する事
と云う事です。
特定の項目が文字化けを起こす場合、その項目の文字コードのチェックをすると違う文字コードが設定されていたりします。

例えば、さくらレンタルサーバ　＋　Navicat（DB管理ツール）でデータ管理を行う場合
「phpmyadmin」を使ってMySQL 接続の照合順序:で文字コードを設定して、それからNavicatの接続設定にて「Mysqlのキャラクタセット」にチェックを入れてから各テーブルを構築すれば上手く行く？。（環境により異なりますので断言は出来ませんが・・・）

しかし、Mysql 5になってもやはりSJISとの相性は悪いようで、キャラクタセットを全てSjisにしてアクセスすると、�@や�鰍ﾈどの文字が化けます、やはりこれらの文字を扱う場合には、UTF-8が一番安定しているようです。
結局以前のように文字コードをUTF-8に統一しないと、完全に文字化けは解消しないようです。
日本語だからSJISが良い何て思いますが、結局UTF-8で統一した方が良さそうです。

結局、UTF-8以外も文字コードで文字化けが解消しないのであれば、全てデフォルトをUTF-8にして他の文字コードの設定を出来ないようにして欲しいものです。